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Question-réponse

Y-a-t-il un délai de carence en cas de maladie dans la fonction publique ?

Vérifié le 03/08/2026 - Service Public / Direction de l'information légale et administrative (Premier ministre)

Lors de chaque arrĂȘt de travail, vous ĂȘtes rĂ©munĂ©rĂ© Ă  partir du 2e jour de congĂ© de maladie.

Votre traitement indiciaire et vos primes et indemnités ne vous sont pas versés le 1er jour de congé de maladie.

Si vous percevez une indemnité de résidence et/ou une nouvelle bonification indiciaire (NBI), ces 2 éléments de rémunération ne vous sont pas versés non plus.

En revanche, les Ă©lĂ©ments de rĂ©munĂ©ration suivants continuent de vous ĂȘtre versĂ©s, si vous y avez droit :

  • SupplĂ©ment familial de traitement (SFT)
  • Remboursement de frais
  • Primes et indemnitĂ©s liĂ©es au changement de rĂ©sidence, Ă  la primo affectation, Ă  la mobilitĂ© gĂ©ographique et aux restructurations
  • Primes et indemnitĂ©s liĂ©es Ă  l’organisation du travail
  • Avantages en nature
  • IndemnitĂ©s d’enseignement ou de jury et autres indemnitĂ©s non directement liĂ©es Ă  l’emploi, dĂšs lors que le service a Ă©tĂ© fait
  • Part ou intĂ©gralitĂ© des primes et indemnitĂ©s dont la modulation est fonction des rĂ©sultats et de la maniĂšre de servir
  • Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnitĂ©s correspondant Ă  un fait gĂ©nĂ©rateur unique
  • Prise en charge partielle du prix des titres de transport domicile - lieu de travail.

Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :

  • Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2e congĂ© de maladie, lorsque la reprise du travail entre 2 congĂ©s de maladie pour la mĂȘme affection n'a pas dĂ©passĂ© 48 heures.

    Il en est ainsi lorsque le nouvel arrĂȘt de travail prolonge l'arrĂȘt prĂ©cĂ©dent et que le mĂ©decin prescripteur a cochĂ© la case prolongation.

    Il en est également ainsi :

    • Quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrĂȘter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
    • Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre mĂ©decin un samedi, un dimanche ou un jour fĂ©riĂ© accolĂ© au week-end pour des raisons indĂ©pendantes de votre volontĂ©.

    Dans ces 2 cas, le nouvel arrĂȘt prescrit prolonge l’arrĂȘt prĂ©cĂ©dent et le mĂ©decin prescripteur a cochĂ© la case prolongation. Le nouvel arrĂȘt est considĂ©rĂ© comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrĂȘt initial.

    Le dĂ©lai de 48 heures, dĂ©comptĂ© en jours calendaires, commence Ă  courir Ă  partir du 1er jour qui suit le dernier jour de l'arrĂȘt de travail initial.

  • Le jour de carence ne s'applique pas en cas de congĂ©s de maladie accordĂ©s aprĂšs un 1er  congĂ© de maladie pour une mĂȘme affection de longue durĂ©e (ALD), pendant une pĂ©riode de 3 ans Ă  partir du 1er congĂ© de maladie.

    Ainsi, en cas d'arrĂȘts de travail successifs liĂ©s Ă  une mĂȘme ALD, le dĂ©lai de carence ne s'applique qu'une seule fois au cours d'une mĂȘme pĂ©riode de 3 ans Ă  partir du 1er arrĂȘt de travail liĂ© Ă  cette ALD.

    La période de 3 ans est calculée de date à date.

    Si vous souffrez d'ALD différentes, le délai de carence s'applique, par période de 3 ans, pour le 1er congé de maladie engendré par chacune des ALD.

    Le mĂ©decin prescripteur de l’arrĂȘt de travail Ă©tablit le lien entre l’arrĂȘt et l’ALD et coche la case prĂ©vue pour cela dans le volet n°2 du certificat d’arrĂȘt de travail.

  • Le jour de carence ne s'applique pas lors des congĂ©s suivants :

    • CongĂ© pour invaliditĂ© temporaire imputable au service (Citis)
    • CongĂ© de longue maladie (CLM)
    • CongĂ© de longue durĂ©e (CLD)
    • CongĂ© de maladie accordĂ© aprĂšs une dĂ©claration de grossesse et avant le dĂ©but du congĂ© de maternitĂ©
    • CongĂ© de maternitĂ© et congĂ©s supplĂ©mentaires accordĂ©s en cas de grossesse pathologique
    • CongĂ© de maladie faisant suite Ă  une interruption spontanĂ©e de grossesse (fausse couche) ayant eu lieu avant la 22e semaine d'amĂ©norrhĂ©e
    • CongĂ© de maladie faisant suite Ă  une interruption de grossesse pratiquĂ©e pour motif mĂ©dical
    • 1er congĂ© de maladie intervenant au cours des 13 semaines Ă  partir du dĂ©cĂšs de votre enfant ĂągĂ© de moins de 25 ans ou d'une personne ĂągĂ©e de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente
    • CongĂ© de maladie en raison d'infirmitĂ©s rĂ©sultant de blessures ou de maladie contractĂ©es ou aggravĂ©es soit en service, soit en accomplissant un acte de dĂ©vouement dans un intĂ©rĂȘt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes.

Rappel

Rappel

Quelle que soit votre fonction publique d'appartenance (État, territoriale, hospitaliĂšre), vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant 3 mois de congĂ© de maladie , puis la moitiĂ© de votre traitement indiciaire pendant 9 mois.

Lors de chaque arrĂȘt de travail, vous ĂȘtes rĂ©munĂ©rĂ© Ă  partir du 2e jour de congĂ© de maladie.

Votre traitement indiciaire, vos primes et indemnités ne vous sont pas versés le 1er jour de congé de maladie.

Si vous percevez une indemnité de résidence, cet élément de rémunération ne vous est pas versé non plus.

En revanche, les Ă©lĂ©ments de rĂ©munĂ©ration suivants continuent de vous ĂȘtre versĂ©s, si vous y avez droit :

  • SupplĂ©ment familial de traitement (SFT)
  • Remboursement de frais
  • Primes et indemnitĂ©s liĂ©es au changement de rĂ©sidence, Ă  la primo affectation, Ă  la mobilitĂ© gĂ©ographique et aux restructurations
  • Primes et indemnitĂ©s liĂ©es Ă  l’organisation du travail
  • Avantages en nature
  • IndemnitĂ©s d’enseignement ou de jury et autres indemnitĂ©s non directement liĂ©es Ă  l’emploi, dĂšs lors que le service a Ă©tĂ© fait
  • Part ou intĂ©gralitĂ© des primes et indemnitĂ©s dont la modulation est fonction des rĂ©sultats et de la maniĂšre de servir
  • Versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnitĂ©s correspondant Ă  un fait gĂ©nĂ©rateur unique
  • Prise en charge partielle du prix des titres de transport domicile - lieu de travail.

Toutefois, le jour de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :

  • Le jour de carence ne s'applique pas lors du 2e congĂ© de maladie, lorsque la reprise du travail entre 2 congĂ©s de maladie pour la mĂȘme affection n'a pas dĂ©passĂ© 48 heures.

    Il en est ainsi lorsque le nouvel arrĂȘt de travail prolonge l'arrĂȘt prĂ©cĂ©dent et que le mĂ©decin prescripteur a cochĂ© la case prolongation.

    Il en est également ainsi :

    • Quand vous tentez de reprendre vos fonctions et vous trouvez dans l'obligation de vous arrĂȘter de nouveau 1 ou 2 jours plus tard
    • Ou lorsque vous n'avez pas pu consulter votre mĂ©decin un samedi, un dimanche ou un jour fĂ©riĂ© accolĂ© au week-end pour des raisons indĂ©pendantes de votre volontĂ©.

    Dans ces 2 cas, le nouvel arrĂȘt prescrit prolonge l’arrĂȘt prĂ©cĂ©dent et le mĂ©decin prescripteur a cochĂ© la case prolongation. Le nouvel arrĂȘt est considĂ©rĂ© comme une rechute et une prolongation puisqu'il n'y a pas eu disparition de la cause de l'arrĂȘt initial.

    Le dĂ©lai de 48 heures, dĂ©comptĂ© en jours calendaires, commence Ă  courir Ă  partir du 1er jour qui suit le dernier jour de l'arrĂȘt de travail initial.

  • Le jour de carence ne s'applique pas en cas de congĂ©s de maladie accordĂ©s aprĂšs un 1er  congĂ© de maladie pour une mĂȘme affection de longue durĂ©e (ALD), pendant une pĂ©riode de 3 ans Ă  partir du 1er congĂ© de maladie.

    Ainsi, en cas d'arrĂȘts de travail successifs liĂ©s Ă  une mĂȘme ALD, le dĂ©lai de carence ne s'applique qu'une seule fois au cours d'une mĂȘme pĂ©riode de 3 ans Ă  partir du 1er arrĂȘt de travail liĂ© Ă  cette ALD.

    La période de 3 ans est calculée de date à date.

    Si vous souffrez d'ALD différentes, le délai de carence s'applique, par période de 3 ans, pour le 1er congé de maladie engendré par chacune des ALD.

    Le mĂ©decin prescripteur de l’arrĂȘt de travail Ă©tablit le lien entre l’arrĂȘt et l’ALD et coche la case prĂ©vue pour cela dans le volet n°2 du certificat d’arrĂȘt de travail.

  • Le jour de carence ne s'applique pas lors des congĂ©s suivants :

    • CongĂ© pour accident du travail ou maladie professionnelle
    • CongĂ© de grave maladie
    • CongĂ© de maladie accordĂ© aprĂšs une dĂ©claration de grossesse et avant le dĂ©but du congĂ© de maternitĂ©
    • CongĂ© de maternitĂ© et congĂ©s supplĂ©mentaires accordĂ©s en cas de grossesse pathologique
    • CongĂ© de maladie faisant suite Ă  une interruption spontanĂ©e de grossesse (fausse couche) ayant eu lieu avant la 22e semaine d'amĂ©norrhĂ©e
    • CongĂ© de maladie faisant suite Ă  une interruption de grossesse pratiquĂ©e pour motif mĂ©dical
    • 1er congĂ© de maladie intervenant au cours des 13 semaines Ă  partir du dĂ©cĂšs de votre enfant ĂągĂ© de moins de 25 ans ou d'une personne ĂągĂ©e de moins de 25 ans dont vous aviez la charge effective et permanente
    • CongĂ© de maladie en raison d'infirmitĂ©s rĂ©sultant de blessures ou de maladie contractĂ©es ou aggravĂ©es soit en service, soit en accomplissant un acte de dĂ©vouement dans un intĂ©rĂȘt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes.

Votre rĂ©munĂ©ration vous est maintenue pendant un congĂ© de maladie dans des conditions variables selon votre fonction publique d'appartenance (État - FPE, territoriale - FPT, hospitaliĂšre - FPH) :

  • Vous pouvez bĂ©nĂ©ficier de congĂ©s de maladie rĂ©munĂ©rĂ©s par votre administration employeur, pendant 12 mois consĂ©cutifs en cas d'arrĂȘts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrĂȘts de travail continus, si vous justifiez d'au moins 4 mois de services.

    Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire au cours des 3 premiers mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire au cours des 9 mois suivants.

    Si vous devez cesser vos fonctions pour raison de santĂ© sans avoir droit Ă  un congĂ© de maladie rĂ©munĂ©rĂ© par votre administration employeur, vous ĂȘtes placĂ© en congĂ© non rĂ©munĂ©rĂ©.

    Que vous soyez placé en congé de maladie rémunéré par votre administration employeur ou en congé non rémunéré, vous avez droit à des indemnités journaliÚres de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier.

    Lorsque vous ĂȘtes rĂ©munĂ©rĂ© par votre administration employeur, les indemnitĂ©s journaliĂšres sont dĂ©duites du montant de votre traitement indiciaire.

    Les indemnitĂ©s journaliĂšres de la SĂ©curitĂ© sociale sont versĂ©es Ă  partir du 4e jour d’arrĂȘt, c'est-Ă -dire aprĂšs un dĂ©lai de carence de 3 jours.

  • Vous pouvez bĂ©nĂ©ficier de congĂ©s de maladie pendant 12 mois consĂ©cutifs en cas d'arrĂȘts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrĂȘts de travail continus.

    Votre congé de maladie est rémunéré différemment selon votre ancienneté :

    Rémunération du congé de maladie du contractuel dans la FPT selon l'ancienneté

    Ancienneté

    Durée de maintien du traitement indiciaire

    AprÚs 4 mois de services

    30 jours Ă  90 % et 30 jours Ă  œ traitement

    AprÚs 2 ans de services

    60 jours Ă  90 % et 60 jours Ă  œ traitement

    AprÚs 3 ans de services

    90 jours Ă  90 % et 90 jours Ă  œ traitement

    Si vous devez cesser vos fonctions pour raison de santĂ© sans avoir droit Ă  un congĂ© de maladie rĂ©munĂ©rĂ© par votre administration employeur, vous ĂȘtes placĂ© en congĂ© non rĂ©munĂ©rĂ©.

    Que vous soyez placé en congé de maladie rémunéré par votre administration employeur ou en congé non rémunéré, vous avez droit à des indemnités journaliÚres de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier.

    Lorsque vous ĂȘtes rĂ©munĂ©rĂ© par votre administration employeur, les indemnitĂ©s journaliĂšres sont dĂ©duites du montant de votre traitement indiciaire.

    Les indemnitĂ©s journaliĂšres de la SĂ©curitĂ© sociale sont versĂ©es Ă  partir du 4e jour d’arrĂȘt, c'est-Ă -dire aprĂšs un dĂ©lai de carence de 3 jours.

  • Vous pouvez bĂ©nĂ©ficier de congĂ©s de maladie pendant 12 mois consĂ©cutifs en cas d'arrĂȘts de travail continus, ou pendant 300 jours en cas d'arrĂȘts de travail continus.

    Votre congé de maladie est rémunéré différemment selon votre ancienneté :

    Rémunération du congé de maladie du contractuel dans la FPH selon l'ancienneté

    Ancienneté

    Durée de maintien du traitement indiciaire

    AprÚs 4 mois de services

    30 jours Ă  90 % et 30 jours Ă  œ traitement

    AprÚs 2 ans de services

    60 jours Ă  90 % et 60 jours Ă  œ traitement

    AprÚs 3 ans de services

    90 jours Ă  90 % et 90 jours Ă  œ traitement

    Si vous devez cesser vos fonctions pour raison de santĂ© sans avoir droit Ă  un congĂ© de maladie rĂ©munĂ©rĂ© par votre administration employeur, vous ĂȘtes placĂ© en congĂ© non rĂ©munĂ©rĂ©.

    Que vous soyez placé en congé de maladie rémunéré par votre administration employeur ou en congé non rémunéré, vous avez droit à des indemnités journaliÚres de la Sécurité sociale si vous remplissez les conditions pour en bénéficier.

    Lorsque vous ĂȘtes rĂ©munĂ©rĂ© par votre administration employeur, les indemnitĂ©s journaliĂšres sont dĂ©duites du montant de votre traitement indiciaire.

    Les indemnitĂ©s journaliĂšres de la SĂ©curitĂ© sociale sont versĂ©es Ă  partir du 4e jour d’arrĂȘt, c'est-Ă -dire aprĂšs un dĂ©lai de carence de 3 jours.

Oui, lorsque vous ĂȘtes en congĂ© de maladie, il est appliquĂ©, lors de chaque arrĂȘt de travail, un jour de carence, c'est-Ă -dire un jour non rĂ©munĂ©rĂ©. Toutefois, lors de certains arrĂȘts de travail, le jour de carence ne s'applique pas.

Le jour de carence s'applique diffĂ©remment selon que vous ĂȘtes fonctionnaire ou contractuel.